Entwicklung neuer Methoden der molekularen Biodiversitätsforschung

Ein Schwerpunkt unserer Forschung ist es, bestehende molekulare Techniken zur Analyse von Populationsprozessen oder zur Erfassung von Artengemeinschaften zu verbessern, d.h. sie schneller, robuster und dadurch zuverlässiger zu machen. Auch setzen wir neue Ideen zur Erhebung von Biodiversitätsmustern von Art- bis zur Gemeinschaftsebene um. Beispiele sind neue eDNA-basierte Verfahren, spezielle DNA-Metabarcoding-Primer oder auch neue Software für die Analyse der Hochdurchsatzdaten.

Die Standardisierung der Methoden für einen Einsatz auch in der behördlichen Routine ist insbesondere für das DNA-Metabarcoding ein Schwerpunkt in mehreren Projekten.

Publikationen:

Macher, J.N., Zizka, V., Weigand, A.M., Leese, F., 2017. A simple centrifugation protocol for metagenomic studies increases mitochondrial DNA yield by two orders of magnitude. Methods in Ecology and Evolution. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12937

Zizka, V.M.A., Elbrecht, V., Macher, J.N., Leese, F., 2019. Assessing the influence of sample tagging and library preparation on DNA metabarcoding. Molecular Ecology Resources 19, 893–899. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13018

Zizka, V.M.A., Leese, F., Peinert, B., Geiger, M.F., 2018. DNA metabarcoding from sample fixative as a quick and voucher-preserving biodiversity assessment method. Genome 62, 122–136. https://doi.org/10.1139/gen-2018-0048

Timm, H., Weigand, H., Weiss, M., Leese, F., Rahmann, S., 2018. DDRAGE: A Dataset Generator to Evaluate ddRADseq Analysis Software. Molecular Ecology Resources 18, 681–690. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12743

Weigand, H., Leese, F., 2018. Detecting signatures of positive selection in non-model species using genomic data. Zool J Linn Soc 184, 528–583. https://doi.org/10.1093/zoolinnean/zly007

Buchner, D., Leese, F., 2020. BOLDigger – a Python package to identify and organise sequences with the Barcode of Life Data systems. Metabarcoding and Metagenomics 4, e53535. https://doi.org/10.3897/mbmg.4.53535