Der Abteilung für Massenspektrometrie stehen vier Massenspektrometer zur Verfügung. Die Geräte sind mit unterschiedlichen Einlass-Optionen (GC, HPLC, Autosampler) und Ionisations-Methoden (EI, ESI, APCI, MALDI) ausgerüstet:

Bruker autoFlex Speed  Agilent HP 5973N MSD  Bruker amaZon SL  Bruker maXis 4G

Alle Massenspektrometer werden mithilfe zugehöriger Datensysteme gesteuert. Die zugehörigen Rechner dienen darüber hinaus der Erfassung und Weiterverarbeitung aufgenommener Chromatogramme und Massenspektren.