Die Zuordnung gefundener Fragmente zu erwarteten Molekülbausteinen eines zu bestimmenden Analyten führt zur Sicherung der analytischen Aussage und vervollständigt so dessen Charakterisierung.

Eine MS/MS-Analyse bzw. die gezielte Fragmentierung eines Analyten erfolgt durch Stoßreaktion in der Kollisionszelle eines Massenspektrometers mithilfe eines Reaktandgases (Ar, He, N₂). Die Kollisionszelle befindet sich zwischen zwei Analysatoren, von denen der vordere den zu fragmentierenden Analyten selektiert, während der hintere die entstehenden Fragmente bestimmt.

MS/MSⁿ-Analysen können mithilfe von Ionenfallen (Ion-Trap-Massenspektrometern) durchgeführt werden. Dort wird das erste entstehende Fragment durch weitere Stoßreaktionen weiter fragmentiert. Es entsteht so ein zweites Fragment MS/MS² aus dem ersten Fragment MS/MS¹. Dieser Prozess kann weiter (theoretisch also n-fach) fortgesetzt werden.

MS/MS-Experimente können am vorhandenen Bruker maXis 4G, am Bruker amaZon SL und am Bruker autoFlex Speed betrieben werden. Unser Bruker amaZon SL erlaubt nach Angabe des Herstelles MS/MSⁿ-Versuche mit n = 11. Die jeweilige Messgenauigkeit der Fragment-Ionen erfolgt mit der gleichen Qualität wie die der Analyt-Ionen und ist einzig abhängig vom eingesetzten Analysator.

MS-MS- und MS/MSⁿ-Analysen werden erst nach erfolgreicher Aufnahme und Prüfung eines Übersichtsspektrums mit nominaler Massenauflösung  durchgeführt. Dieses Übersichtsspektrum wird vom Auftraggeber als Anlage zum Auftrag eingereicht.

Für MS/MS- und MS/MSⁿ-Analysen wird die Vorbereitung reinster Proben empfohlen.