Die Bestimmung der exakten Molekülmasse erfolgt durch Abgleich eines gefundenen Signals mit bekannten Signalen einer Referenz-Verbindung, die zeitgleich (interner Standard) oder zeitversetzt (exterer Standard) mit der Probe aufgegeben wird.

Exakte Massenbestimmungen sind mithilfe des Bruker maXis 4G sowohl bei Anwendung von ESI- als auch von APCI-Ionisation möglich.

Die Bestimmung der exakten Molekülmasse wird erst nach erfolgreicher Aufnahme und Prüfung eines Übersichtsspektrums mit nominaler Massenauflösung am Bruker Amazon SL durchgeführt. Dieses Übersichtsspektrum wird vom Auftraggeber als Anlage zum Auftrag eingereicht.

Mithilfe des Bruker autoFlex Speed und unter Anwendung von PAC-Targets sind exakte Massenbestimmungen auch bei MALDI-Analysen möglich.