Das ganzheitliche Qualitätsmanagementsystem (QMS) der UDE verbindet die Qualitätssicherung der Studiengänge, Institutionelle Evaluationen und Ziel- und Leistungsvereinbarungen miteinander, um eine datengestützte Weiterentwicklung von Studium und Lehre, Forschung, Organisation und Services zu ermöglichen. Grundlegend sind externe Vorgaben und interne Standards und Ziele, die in Strategien niedergelegt sind. Die Verfahren zum Qualitätsmanagement (QM) sind in der QM-Ordnung geregelt, während Informationen über Abläufe und Zuständigkeiten und das Zusammenspiel der Verfahren im QM-Handbuch dargestellt werden. Verwaltung, zentrale Einrichtungen und Stabsstellen verstehen sich im Kontext des Qualitätsmanagements als Dienstleister für den Wissenschaftsbereich. Ziel ist eine umfassende Qualitätsentwicklung in allen Bereichen der Hochschule und auch das QMS selbst wird regelmäßig überprüft und weiterentwickelt. Seit dem 2016 ist die UDE systemakkreditiert und hat das Recht, das Siegel des Akkreditierungsrates für die von ihr geprüften Studiengänge selbst zu verleihen. Das QMS der UDE wurde 2023 reakkreditiert.