Der Begriff „Biodiversität“ beschreibt den Artenreichtum und die Vielfalt von Lebensgemeinschaften. Wir interessieren uns für die Biodiversität unterschiedlicher Organismengruppen (Zoologische Einzeller, Kieselalgen, höhere Pflanzen, Makrozoobenthos, Fische, Parasiten) in Gewässern, für die Bedeutung der Biodiversität für Struktur und Funktion von Ökosystemen sowie für die Folgen von Gewässerverbauung, Schadstoffbelastung, klimatischer Veränderungen sowie der Einwanderung nicht-einheimischer Arten auf Biodiversitätsparameter (vgl. z.B. www.rubicode.net).

Maßzahlen der Biodiversität sind wesentlicher Bestandteil von Bewertungssystemen für Gewässer. Am Beispiel des Makrozoobenthos (Kleintiere, die auf der Gewässersohle leben, u.a. Insektenlarven, Kleinkrebse, Muscheln) untersuchen wir, wie sich Änderungen der Gewässermorphologie (z.B. Verbauungen, Beseitigung der Ufervegetation) auf Artenreichtum und funktionelle Diversität von Gewässern auswirken.

Ein weiterer Schwerpunkt liegt auf integrativen Studien zur Biodiversität von Parasiten und ihren Wirten.
Die Einwanderung von Tierarten, z.B. durch die Öffnung des Main-Donau-Kanals im Jahr 1992 führte zu grundlegenden Änderungen in der Struktur der Lebensgemeinschaften im Rhein und seinen Nebengewässern. Eingewanderte Flohkrebs-Arten (Gammaridae) dominieren heute im Makrozoobenthos des Rheines; Flohkrebs-Arten sind gleichzeitig obligate Zwischenwirte für Parasiten einheimischer Fischarten. 



Folglich finden sich veränderte Parasitengemeinschaften bei Fischen. Invasive Parasiten, die mit ihren entsprechenden neuen Wirten keine gemeinsame Co-Evolution vollzogen haben, zeigen oftmals negative Effekte auf ihre Wirtspopulation. Ein Beispiel hierfür ist die Invasion des aus Asien stammenden, pathogenen Schwimmblasenwurms Anguillicola crassus, der im Verdacht steht am Rückgang der Population des Europäischen Aals beteiligt zu sein.